1、 南下主要路線：
北部及中南部遊客，可經由國道一號高速公路南下，由小港機場出口沿省道十七號公路，往東港行駛即可抵達東港碼頭，再搭交通船 到小琉球。

2、 北上主要路線：
自墾丁沿台一線至枋寮、水底寮，再沿17號省道至林邊、東港，抵達東港後再至東港碼頭，搭交通船到小琉球。 台1線→台17線→ 東港交通船→琉球風景區。

車子需寄放至碼頭附近的停車場，遊玩一天的遊客，可建議您停到東港漁市場，若需過夜者，則需找私人停車場。

※搭乘火車、客運到高雄：
南下：搭乘高鐵者，於高雄左營站下車，再轉搭捷運至高雄站下車。
南下：搭乘火車者，於高雄站下車。
南下：搭乘客運者，於高雄火車站(建國路)下車。

※搭乘客運到東港：
北上：由墾丁前來小琉球可搭乘墾丁快線9117，可於墾丁站或恆春站上車，至東港站下車，朝東港碼頭方向步行約10分鐘。

1、南下主要路線：
高雄火車站前中山路→小港機場→沿海公路(省17號)→行至下東港橋右轉經安泰醫院→抵達東港交通船碼頭。

2、機車運送費用：
車運費：單趟100元，來回200元(125c.c以上另計費) 。